Национальный парк создан постановлением Правительства Российской Федерации в январе 1996 года с целью сохранения природных комплексов и объектов, имеющих особую экологическую, историческую и эстетическую ценность, а также для создания условий для развития организованного отдыха населения. Площадь парка — 50 021 гектар. С юга примыкает к государственной границе с Белоруссией, на западе на протяжении около 2 км — к государственной границе с Латвией. На территории парка находятся около 50 населенных пунктов, в том числе город Себеж.
Территория национального парка расположена в пределах полосы Белорусско-Валдайских гряд, которая включает в себя Себежскую и Великолукскую гряды. Здесь сконцентрированы почти все известные формы ледникового рельефа и отложений, поэтому территорию парка считают «геоморфолого-геологическим музеем», а Себежский район за богатство озерами называют «Псковской Швейцарией».
В Себежском парке отмечены редкие виды флоры и фауны, включенные в Красную книгу Российской Федерации: среди птиц — 17 видов (европейская чернозобая гагара, черный аист, пискулька, белоглазая чернеть, скопа, красный коршун, змееяд, большой подорлик, малый подорлик, беркут, орлан-белохвост, сапсан, среднерусская белая куропатка, южная золотистая ржанка, кулик-сорока, большой кроншнеп, обыкновенный серый сорокопут); в группе сосудистых растений — 4 вида (лосник Лезеля, пальцекорник балтийский, альдрованда пузырчатая, пальцекорник Траунштейнера); 7 видов грибов (гриб-баран, спарассис курчавый, гериций коралловидный, каштановик, гиропор синеющий, паутинник фиолетовый, мутинус собачий); бычок-подкаменщик, обитающий в озерах парка; из чешуекрылых насекомых два вида (жужелица Менетрие, изменчивый шмель).
Также отмечено 22 вида животных, внесенных в Красную книгу Международного Союза охраны природы.
