Заиливание рек и ручьев — не самый актуальный, но, все же, заметный экологический вызов Псковской области. Проблема вызвана несколькими основными причинами: естественным старением водоемов, монотонным равнинным рельефом, зарастанием водотоков, замусориванием (в частности, — поваленными поперек водотока деревьями), рубкой лесов в бассейнах рек (что нарушало водный баланс и повышало температуру / снижало скорость водотока из-за отсутствия затенения со стороны прибрежных деревьев), плотинами бобров, а также мелиоративными работами, проведенными в советские времена. Последнее зачастую было связано со спрямлением естественных русел и с прокладкой искусственных прямых каналов, что приводило к снижению скорости потока воды на прямых участках и, как следствие, к большему осаждению взвешенных частиц — обмелению. Одним из итогов указанной совокупности причин стало снижение судоходности ряда рек и паводкам.
К началу нового тысячелетия на территории региона появилось несколько проблемных зон такого рода. Это, прежде всего, крупные реки, состояние которых вызывало наибольшую озабоченность: реки Великая и Пскова в северной части региона и Ловать в южной, а также реки Пыталовского района (в частности, — Утроя), Усвятского (Усвяча), Невельского (Уща) и Новоржевского (Оршанка) и несколько других.
В последние полтора десятка лет Администрация Псковской области последовательно наращивает усилия по предупреждению и ликвидации последствий паводков, повышению водности и судоходности, укреплению берегов, а также дноуглублению заиленных водотоков. Таким образом, к настоящему моменту ситуация, в целом, взята под контроль, обеспечивается своевременный мониторинг обстановки со стороны федеральных, региональных и муниципальных органов, активно разрабатываются и внедряются новые гидротехнические решения.
Примеры проектов по дноуглублению и укреплению берегов: реки Оршанка, Ситовка, Великая, Малый Удрай.